台湾自古以来就是我国领土。1624年，荷兰殖民者在台湾台南海滨的一个沙洲上建立要塞，命名热兰遮堡。
1628年郑芝龙接受明朝招抚，郑芝龙同荷兰殖民者在利益上有勾结，也有矛盾。
荷兰殖民者对台湾实行野蛮掠夺和严酷统治。1651年东印度公司向台湾人民征收人头税，每年达二十万荷兰盾，引起民众反抗。赤嵌地区村长郭怀发动反荷起义，附近百姓群起响应，参与者多达一万六千人，半个月后被荷兰殖民者血腥镇压被杀和被俘者达到九千人。荷兰人为了加强统治又在台湾本岛赤嵌地区修建堡垒，命名普罗文查。
郑成功酝酿收复台湾是在1658年进攻南京失败之后，这时西南的永历朝廷一蹶不振，郑成龙控制的金门、厦门都是沿海岛屿，无法为郑军提供足够的后勤供应，台湾就成了郑成功急需的后勤基地。这时又有何斌送来的一份秘密地图，郑氏家族与台湾早有联系，郑成功的宗兄正泰就在台湾置有产业。
1661年，郑军誓师。二月初八日，郑军船队直航台湾。
台湾的荷兰士兵只有一千多人，其中热兰遮城堡有八百多士兵，普罗文查堡有四百多兵力。对于郑军的进攻，荷兰人起初很轻视，尽管只有少量兵力，却仍分海、陆两路出战，结果两路都被有兵力优势的郑军击败。于是，荷兰人准备据堡坚守，等待援军。
普罗文查堡在被郑军包围后向热兰遮求援无果后，被迫投降。荷兰殖民者在台湾的据点只剩下在荒芜沙洲上的热兰遮城堡，唯一的希望是等待巴达维亚的援军。郑成功曾劝降热兰遮守军，准许其安全撤走，但被守军拒绝。八月东印度公司的七百援军赶到，刚好遇到暴风天气，荷舰被迫离港。热兰遮五百守军坚持到十二月在再无援军的情况下和郑成功谈判，1662年2月10日，荷兰军撤走，热兰遮城堡交给郑军。台湾被郑成功光复。
台湾地广人稀，土地肥沃，适合屯田养兵，郑成功采取寓兵于民的屯田制，同时也侵占了大量土著居民的土地。此外，郑成功还鼓励商业、加强文化建设。
郑成功急迫催督生产，造成士兵病者、死者甚多。又令将士把家属送到台湾，则带有人质性质，加上郑成功的猜忌，使得一些将领选择降清。
郑成功晚年心情郁结，行为更加乖张，导致其其抑郁而终的则是一件小事。世子郑经留镇厦门，同四弟奶妈通奸生了一个儿子，这在豪门家族中并不罕见。郑经起初想隐瞒此事，只告知郑成功十余侍妾所生，郑成功很高兴，但被郑经妻子的祖父将实情告诉了郑成功，郑成功大怒，命人到厦门，斩其妻董氏之家不严之罪，并其子郑经与其所生之孙，乳母陈氏。诸将均觉不妥，给郑成功送去众将的启本，启本中有“报恩有日，候阙无期”的话，表示金、夏将领联合据命的意思。郑成功阅信后，心中愤懑已极，不久病死，享年三十八岁。
从1662年四月到六月，永历帝朱由榔、郑成功、李定国相继去世，标志着南明复兴的最后希望彻底幻灭。
清廷为了对付东南沿海的郑成功等抗清势力，下达了迁海令，规定沿海三十里内的居民全部迁走，不迁者就地处死，实际执行是时官员可以任意专断，往往迁移距离不止三十里。这给世代生活在这里的百姓造成深重灾难，福建和浙江两省被荒废的田地就达到七百多万亩，沿海农业和渔业彻底被摧毁，很多人因此衣食无着，被杀者也甚重。因此一些人不得不挺而走险，和东南的郑氏集团做贸易，规模也越来越大，后来就连官府也只能睁一只眼闭一只眼了。可见，郑氏集团虽然被清廷消灭，但迁海令在其中起到的作用微乎其微，甚至起到反向作用。
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